几乎所有的结肠癌都是由息肉发展而来的。由于息肉生长较慢，一般要数年，因此在息肉发生癌变之前，筛查是一项重要的监控手段。另外，这些筛查还能发现结肠、直肠的早期癌症。若早期的结直肠癌在常规筛查中被发现和切除，5年的生存率可以高达90％。
目前有以下几种筛查方法，它们有各自的优缺点：
乙状结肠镜检查：在这项检查中，医生通过一根纤细的、有光源的管子直接观察你的直肠和乙状结肠(大约是结肠的末端60厘米)。虽然乙状结肠镜只能检查你后三分之一的结肠，不过几乎一半的结肠癌发生在这个区域。在做乙状结肠镜检查时病人会有些不舒服。另外，它也有导致结肠穿孔的风险，但是它的风险比结肠镜检查要小。
结肠镜检查：这是检测结肠息肉和结肠癌最敏感的一项检查。它和乙状结肠镜检查相类似，但是所用的仪器(即结肠镜)是一根更长的纤细管子，并与摄像机和控制部分相连，因此医生可以通过它检查你的直肠和整个结肠。在检查中若发现有任何息肉，医生可以立即切除它，或是取一部分组织进行活检。结肠镜检查需要半个小时。为了使你在检查过程中不难受，医生可能会对你进行轻度麻醉。结肠镜检查的风险包括结肠壁出血或穿孔，尤其是如果做息肉切除的话。
直肠指检：这种检查是指医生戴上手套，用手指检查直肠最末端的那几厘米是否有息肉。这项检查安全，痛苦相对也很小，但是只能局限于下段直肠，无法检测上段直肠和结肠。另外，医生很难通过这种检查发现小的息肉。因此这种检查在筛查中不应被单独使用。
粪便隐血试验：这项无创性检查是用于检测你的粪便中是否含有血液。这项检查的缺点是许多息肉和肠癌并不一定会导致肠道出血，也就是说，即使你有结肠息肉或结肠癌，结果也可能是阴性的。另外，大便带血也可能是痔疮或其他的肠道疾病所引起。因此，许多医生建议用其他检查手段，或者与其他诊断性检查联用。
钡剂灌肠：这项诊断性检查是利用钡剂造影和X线来显示你的整个大肠。检查前，医生将钡剂(一种造影剂)灌入病人的肠道中。当钡剂充盈并覆盖在肠壁表面后，在X线的照射下能显示出你的直肠和结肠(有时还包括一小部分小肠)的清晰轮廓。有时候医生还同时在病人的肠道中冲入一些空气，使得肠道在X线下有一个更好的对比度。这项检查一般需要20分钟，在检查过程中病人可能会因为肠道受到钡剂和空气的扩张而有些不舒服。这项检查导致肠穿孔的风险比较小，但它对结肠息肉的检测有较高的遗漏率，因此不如结肠镜检查来得可靠。另外，医生也不能在检查过程中摄取息肉组织做活检来确诊是否有癌变。
基因测试：如果你有结直肠癌的家族史，你可能需要进行基因检测。这项血液学检查可以帮助明确你是否有高发的结肠或直肠癌风险。它的主要缺点是检查结果可能模棱两可，因为检测出有基因缺陷并不意味着你一定会得癌症。不过好处是，如果知道你有基因缺陷和遗传倾向后，你可以更加重视和遵循定期的筛查。
胶囊内镜：虽然结肠镜检查对检测结肠内的息肉是有效的，但是它无法到达小肠。不久之前，钡餐检查还是检查小肠息肉的唯一手段，但可惜它的准确度不高。现在医学界已发明了一种内部装有微型照相机的胶囊，吞下它后就可以分辨出小肠内的息肉，并且准确度较高。不过，由于小肠息肉比较罕见，所以这项检查并不常用。
新技术：比如虚拟结肠镜(CT结肠镜)可以使结肠筛查更加安全和舒适，而且创伤更小。在这项检查中，你只需要进行两分钟的高度敏感的X线结肠检查(CT扫描)。然后，医生利用计算机图像技术可以重组出你的结肠和直肠的每一个部分。尽管虚拟结肠镜在结肠息肉和结肠癌筛查方面是一个巨大的进步，但它的可靠性还是比不上常规结肠镜检查。它高度依赖医生看图片的技巧，而且不能在检查过程中切除息肉或是摄取部分组织做活检。