一、两者病位上区别：
溃疡性结肠炎是一种病因尚不十分明确直肠、结肠慢性非特异性炎症疾病。病变主要在大肠黏膜及黏膜下层，呈连续性分布。
而克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，多见于末段回肠与邻近结肠，从口腔到肛门各段消化道均可受累，呈节段性和或跳跃式分布。
二、症状上的不同：
溃疡性结肠炎脓血便多见，克罗恩病脓血便较少，有腹泻
三、引起肠腔狭窄：
溃疡性结肠炎少见肠腔狭窄，中心性。克罗恩病肠腔狭窄较多见，偏心性。
四、溃疡及黏膜的区别:
溃疡性结肠炎的溃疡浅，黏膜弥漫性充血水肿、颗粒状，脆性增加。克罗恩病的纵行溃疡、黏膜呈卵石样，病变间的黏膜正常。
五、组织病理上的不同：
溃疡性结肠炎是固有膜全层弥漫性炎症、隐窝脓肿、隐窝结构明显异常、杯状细胞减少。克罗恩病裂隙状溃疡、非干酪性肉芽肿。粘膜下层淋巴细胞聚集。
六、中医方面治疗
谢师治疗溃疡性结肠炎，常运用辩证的思维善用治法，或温下、或消食导滞、或通补，临床上取得良好的疗效。
田明健等认为克罗恩病初期病位在脾胃，久之累及到肠，治以健脾益气、调和气血为主，方用参苓白术散配合人参汤治疗，并提出“白术”在治疗克罗恩病上的重要性。